目的探究采用不同数量微卫星位点标记对日本血吸虫种群遗传多样性分析的影响,为日本血吸虫种群遗传学研究提供参考。方法自湖北省公安县某地野外荒滩采集湖北钉螺,采用直管逸蚴法筛选出37只血吸虫感染性钉螺。分别收集每只感染性钉螺逸...目的探究采用不同数量微卫星位点标记对日本血吸虫种群遗传多样性分析的影响,为日本血吸虫种群遗传学研究提供参考。方法自湖北省公安县某地野外荒滩采集湖北钉螺,采用直管逸蚴法筛选出37只血吸虫感染性钉螺。分别收集每只感染性钉螺逸出的单条尾蚴,各随机挑选10条尾蚴提取DNA。以前期经大规模样本验证过的9个微卫星位点以及自参考文献和GenBank数据库中筛选且可稳定扩增的15个微卫星位点作为分子标记,利用Type-it微卫星PCR试剂盒对上述尾蚴DNA进行3组8重微卫星PCR扩增,通过毛细管电泳检测样本基因型。对上述日本血吸虫尾蚴DNA进行种群遗传多样性分析,评估等位基因数(observed number of alleles,Na)、有效等位基因数(effective number of alleles,Ae)、观察杂合度(observed heterozygosity,Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity,He)和多态信息含量(polymorphism information content,PIC)等多态性指标,采用Hardy-Weinberg平衡检验和连锁不平衡评估进行尾蚴种群遗传结构分析。此外,为进一步探究微卫星位点数量对日本血吸虫种群遗传多样性的影响,依次将微卫星位点数量设定为1~24个,计算不同位点数量时日本血吸虫种群Na均数及其标准差,并计算等位基因数变异系数,观察Na随微卫星位点数量增加的变化。结果共选取345条日本血吸虫尾蚴DNA,用上述24个微卫星位点进行检测,结果显示全部位点均满足连锁平衡标准化[连锁不平衡系数(D′)<0.7,r2<0.3],均偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.001)。日本血吸虫尾蚴种群在24个微卫星位点的Na、Ae、Ho和He均值分别为27.46±2.18、12.46±0.95、0.46±0.03和0.91±0.01,PIC值为0.85~0.96,提示24个位点在全基因组微卫星水平上均具有较好的代表性。采用经前期验证的9个微卫星位点进行分析时,日本血吸虫种群Na-Ae均值为19.88±8.43,高于使用全部24个位点分析时的结果(14.99±8.09)。随着微卫星位点数量的增加,Na均值虽无明显变化,但标准差逐渐变小;尤其是当位点数为18个及以上时,标准差变化幅度明显减小;当位点数为18个时,Na标准差小于位点数为24个时Na均值的5%,变异系数为4.6%。结论微卫星位点数量可显著影响日本血吸虫种群遗传多样性分析结果。在目前低感染率和血吸虫遗传分布不平衡的背景下,推荐选取≥18个微卫星位点进行日本血吸虫种群遗传多样性分析。展开更多
摘要目的探究采用不同数量微卫星位点标记对日本血吸虫种群遗传多样性分析的影响,为日本血吸虫种群遗传学研究提供参考。方法自湖北省公安县某地野外荒滩采集湖北钉螺,采用直管逸蚴法筛选出37只血吸虫感染性钉螺。分别收集每只感染性钉螺逸出的单条尾蚴,各随机挑选10条尾蚴提取DNA。以前期经大规模样本验证过的9个微卫星位点以及自参考文献和GenBank数据库中筛选且可稳定扩增的15个微卫星位点作为分子标记,利用Type-it微卫星PCR试剂盒对上述尾蚴DNA进行3组8重微卫星PCR扩增,通过毛细管电泳检测样本基因型。对上述日本血吸虫尾蚴DNA进行种群遗传多样性分析,评估等位基因数(observed number of alleles,Na)、有效等位基因数(effective number of alleles,Ae)、观察杂合度(observed heterozygosity,Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity,He)和多态信息含量(polymorphism information content,PIC)等多态性指标,采用Hardy-Weinberg平衡检验和连锁不平衡评估进行尾蚴种群遗传结构分析。此外,为进一步探究微卫星位点数量对日本血吸虫种群遗传多样性的影响,依次将微卫星位点数量设定为1~24个,计算不同位点数量时日本血吸虫种群Na均数及其标准差,并计算等位基因数变异系数,观察Na随微卫星位点数量增加的变化。结果共选取345条日本血吸虫尾蚴DNA,用上述24个微卫星位点进行检测,结果显示全部位点均满足连锁平衡标准化[连锁不平衡系数(D′)<0.7,r2<0.3],均偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.001)。日本血吸虫尾蚴种群在24个微卫星位点的Na、Ae、Ho和He均值分别为27.46±2.18、12.46±0.95、0.46±0.03和0.91±0.01,PIC值为0.85~0.96,提示24个位点在全基因组微卫星水平上均具有较好的代表性。采用经前期验证的9个微卫星位点进行分析时,日本血吸虫种群Na-Ae均值为19.88±8.43,高于使用全部24个位点分析时的结果(14.99±8.09)。随着微卫星位点数量的增加,Na均值虽无明显变化,但标准差逐渐变小;尤其是当位点数为18个及以上时,标准差变化幅度明显减小;当位点数为18个时,Na标准差小于位点数为24个时Na均值的5%,变异系数为4.6%。结论微卫星位点数量可显著影响日本血吸虫种群遗传多样性分析结果。在目前低感染率和血吸虫遗传分布不平衡的背景下,推荐选取≥18个微卫星位点进行日本血吸虫种群遗传多样性分析。