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Identification of long InDels through whole genome resequencing to fine map qIF05-1 for seed isoflavone content in soybean(Glycine max L. Merr.) 认领 引用
1
作者 Jia Jia Huan Wang +5 位作者 Ximeng Yang Bo Chen Ruqian Wei Qibin Ma Yanbo Cheng Hai Nian 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2025年第1期85-100,共16页
Soybean seed isoflavones are a type of secondary metabolites that can provide health and nutrition benefits for humans. In our previous study, a stable quantitative trait locus(QTL) qIF05-1 controlling the seed isofla... Soybean seed isoflavones are a type of secondary metabolites that can provide health and nutrition benefits for humans. In our previous study, a stable quantitative trait locus(QTL) qIF05-1 controlling the seed isoflavone content in soybean was detected on chromosome(Chr.) 05 in a recombinant inbred line(RIL) population from a cross of Huachun 2×Wayao. In this study, the parental lines were re-sequenced using the Illumina Solexa System with deep coverage. A total of 63,099 polymorphic long insertions and deletions(InDels)(≥15 bp)were identified between the parents Huachun 2 and Wayao. The InDels were unevenly distributed on 20chromosomes of soybean, varying from 1,826 in Chr. 12 to 4,544 in Chr. 18. A total of 10,002 long InDels(15.85% of total) were located in genic regions, including 1,139 large-effect long InDels which resulted in truncated or elongated protein sequences. In the qIF05-1 region, 68 long InDels were detected between the two parents. Using a progeny recombination experiment and genotype analysis, the qIF05-1 locus was mapped into a 102.2 kb genomic region, and this region contained 12 genes. By RNA-seq data analysis, genome sequence comparison and functional validation through ectopic expression in Arabidopsis thaliana, Glyma.05G208300(described as GmEGL3), which is a basic helix-loop-helix(bHLH) transcription factor in plants, emerged as the most likely confirmed gene in qIF05-1. These long InDels can be used as a type of complementary genetic method for QTL fine mapping, and they can facilitate genetic studies and molecular-assisted selection breeding in soybean. 展开更多
关键词 soybean seed isoflavone content whole genome re-sequencing long InDels fine map
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基于38-plex InDels的青海地区三个族群遗传推断 认领 引用 被引量：3
2
作者 王庆国 韩俊萍 +7 位作者 唐广峰 张金科 谢何鑫 赵慧 李唐松 黄有为 孙文平 赵蕾 《中国法医学杂志》 CSCD 2021年第1期47-51,共5页
目的基于38-plex InDels族群推断体系研究青海地区汉族、回族及撒拉族的族群成分与遗传结构。方法使用38-plex InDels复合扩增体系检测3个族群的220份样本并获取InDels位点分型,利用主成分分析、STRUCTURE聚类分析及系统发育树综合分析... 目的基于38-plex InDels族群推断体系研究青海地区汉族、回族及撒拉族的族群成分与遗传结构。方法使用38-plex InDels复合扩增体系检测3个族群的220份样本并获取InDels位点分型,利用主成分分析、STRUCTURE聚类分析及系统发育树综合分析族群之间的遗传关系,使用族群推断软件DAA v1.0(DNA Ancestry Analyzer,DAA)对220份样本的族群来源进行分析,并与已知样本信息来源对比,计算体系推断结果的准确性。结果主成分分析和STRUCTURE聚类分析结果显示青海地区汉族、回族及撒拉族主要族群成分为东亚(占90%以上);系统发育树显示青海地区汉族、回族及撒拉族与其他东亚族群的亲缘关系较近,聚为一支;除4份样本祖先来源被归为欧亚混合族群外,其余样本祖先来源均为东亚或不排除东亚,推断准确率达95.24%以上。结论青海地区汉族、回族及撒拉族均为东亚族群,且青海地区回族和撒拉族相较青海地区汉族有着更近的遗传关系,使用38-plex InDels族群推断体系对青海地区汉族、回族及撒拉族进行遗传推断,结果可靠。 展开更多
关键词 法医物证学 InDels 族群来源推断 DAA族群推断软件
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利用Samtools挖掘山羊生产繁殖相关Indels标记 认领 引用 被引量：2
3
作者 薛蕾 赵永聚 +2 位作者 管代禄 张继攀 徐恢仲 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期349-356,共8页
随着研究的深入,从最初认为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是导致遗传和表型多样性的主要原因,逐渐意识到插入/缺失(insertion/deletion,Indel)的普遍存在,并且与山羊生产繁殖性状密切相关。随着山羊参考基因组序... 随着研究的深入,从最初认为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是导致遗传和表型多样性的主要原因,逐渐意识到插入/缺失(insertion/deletion,Indel)的普遍存在,并且与山羊生产繁殖性状密切相关。随着山羊参考基因组序列的公布及测序成本的降低,为大规模开发山羊Indels标记提供了可能。本研究就12个山羊个体(大足黑山羊,DBG,n=6;内蒙古绒山羊,IMCG,n=6)全基因组重测序结果,利用Samtools筛选群体间的差异In-dels。结果表明,12个山羊个体获得192.747GB基因组数据,平均每个个体检测到高质量的Indels位点为334 151个;比较基因组获得2个群体特有的Indels分别为110和100个,注释基因38和30个。其中大足黑山群体特有su-fu、sycp2位点和内蒙古绒山羊群体特有kdm4c位点可能是山羊生长繁殖相关候选Indel标记,为进一步精细解析山羊生产繁殖性状遗传机理奠定基础。 展开更多
关键词 山羊 重测序 全基因组 插入/缺失(Indel) Samtools
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基于38-plex InDels的西北地区人群遗传推断研究 认领 引用
4
作者 张博源 赵慧 +5 位作者 王庆国 董薇 赵蕾 江丽 杨瑞琴 韩俊萍 《中国法医学杂志》 CSCD 2021年第5期488-492,共5页
目的基于38-plex InDels族群推断体系对中国西北地区新疆汉族、兰州汉族、兰州东乡族、兰州撒拉族、兰州裕固族5个族群的群体遗传结构和族群成分进行研究,评估该体系的推断效能。方法使用38-plex InDels体系检验西北地区5个族群共165份... 目的基于38-plex InDels族群推断体系对中国西北地区新疆汉族、兰州汉族、兰州东乡族、兰州撒拉族、兰州裕固族5个族群的群体遗传结构和族群成分进行研究,评估该体系的推断效能。方法使用38-plex InDels体系检验西北地区5个族群共165份样本并获取InDel位点分型,使用Structure聚类分析、主成分分析及系统发育树综合分析族群间遗传关系,使用族群推断软件(DNA Ancestry Analyzer, DAA)对样本的族群来源进行推断,通过与已知样本信息以及27-plex SNPs族群推断体系检测结果的对比,分析38-plex InDels体系的推断效能。结果 Structure聚类分析和主成分分析显示5个族群的主要祖先成分均为东亚(占88%以上);系统发育树显示新疆汉族、兰州汉族、东乡族、撒拉族、裕固族均聚集到东亚一支,且兰州东乡族、撒拉族、裕固族遗传关系较近;两种族群推断体系检测结果一致性为95.15%(157/165)。结论新疆汉族、兰州汉族、东乡族、撒拉族、裕固族均为东亚族群,兰州东乡族、撒拉族、裕固族遗传关系更近。使用38-plex InDels族群推断体系研究西北地区5个族群的群体遗传结构和遗传关系,结果可供实践应用。 展开更多
关键词 法医遗传学 InDel 族群推断
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Divergent accumulation patterns of SNVs and INDELs reveal negative selection in noncancerous cells 认领 引用
5
作者 Lei Zhang Moonsook Lee +13 位作者 Xiaoxiao Hao Xiao Ma Chuwei Xia Yiwei Zhao Joseph Ehlert Zhongxuan Chi Bo Jin Ronald Cutler Alexander Y.Maslov Albert-Laszlo Barabasi Jan H.J.Hoeijmakers Winfried Edelmann Jan Vijg Xiao Dong 《The Innovation》 EI 2025年第10期35-45,共11页
Somatic mutations accumulate with age in human tissues.Clonal amplifi-cation of some mutations causes cancers and other diseases.However,it is unclear if random mutation accumulation affects cellular function without ... Somatic mutations accumulate with age in human tissues.Clonal amplifi-cation of some mutations causes cancers and other diseases.However,it is unclear if random mutation accumulation affects cellular function without clonal amplification.We tested this in cell culture,avoiding the lim-itation that mutation accumulation in vivo leads to cancer. 展开更多
关键词 somatic mutations SNVs noncancerous cells clonal amplificationwe negative selection cell cultureavoiding divergent accumulation patterns indels
Assembly of a high-quality reference genome and characterization of a chemical-mutagenized library of an elite soybean cultivar Tianlong 1 认领 引用 被引量：2
6
作者 Yinghua Sheng Yicheng Huang +7 位作者 Zilun Jin Xuyan Wang Chenghui Liu Jingwen Zhang Zhipeng Zhou Chuang Ma Jianwei Zhang Min Chen 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 2026年第3期458-466,共9页
Soybean(Glycine max L.)is a globally vital crop for oil production and food security.High-quality genomic resources are instrumental for both functional genomics and breeding.Here,we report a near-complete,high-qualit... Soybean(Glycine max L.)is a globally vital crop for oil production and food security.High-quality genomic resources are instrumental for both functional genomics and breeding.Here,we report a near-complete,high-quality genome assembly of the elite cultivar Tianlong 1(TL1),featuring fully resolved telomeres and centromeres,as well as a gap-free assembly of 14 of its 20 chromosomes.On the basis of the genome assembly,we generate an ethyl methanesulfonate(EMS)-mutagenized population comprising 2555 M7 plants.Whole-genome resequencing of 288 EMS mutants uncovers 1,163,869 high-confidence single-nucleotide polymorphisms(SNPs)and 542,709 insertions/deletions(InDels),achieving 91.89%coverage of predicted protein-coding genes.Phenotypic screening demonstrates robust genotype–phenotype associations,with two nonsynonymous mutants displaying pronounced defects in seed and leaf development.Collectively,the chromosome-scale TL1 genome assembly and the extensively characterized mutant population establish valuable resources for functional genomics and precision breeding in soybean and related legume species. 展开更多
关键词 Soybean EMS mutant library Tianlong 1 SNPs InDels High-quality genome
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基于DNA分子标记的铁皮石斛的特征表征 认领 引用 被引量：1
7
作者 敬思群 周雨航 +4 位作者 窦新华 罗昕艳 于白音 刘羽佳 项铁男 《中国食物与营养》 2026年第1期18-26,共9页
目的:分析不同原产地铁皮石斛的遗传变异特征,建立区分鉴定不同铁皮石斛种类的有效手段。方法:对韶关丹霞、广西、云南、安徽、浙江共5个原生态区的25份铁皮石斛进行了全基因组的重测序及结构基因组学分析;以NCBI网站石斛基因组ASM16059... 目的:分析不同原产地铁皮石斛的遗传变异特征,建立区分鉴定不同铁皮石斛种类的有效手段。方法:对韶关丹霞、广西、云南、安徽、浙江共5个原生态区的25份铁皮石斛进行了全基因组的重测序及结构基因组学分析;以NCBI网站石斛基因组ASM160598v2为参考基因组,分析了重测序所得的铁皮石斛基因组数据。结果:样品分属4个大类群,丹霞铁皮石斛样品被单独聚类在其中一个亚群;发现了大量的SNP和InDel突变位点,并且得到了2个具有品种多态性的SSR位点。PCR试验证明,该SSR位点可以作为25份铁皮石斛样本不同种源产地的有效筛选标记。结论:研究对铁皮石斛种属遗传多样性解析和资源分类具有重要的推动意义。 展开更多
关键词 铁皮石斛 SNP分子标记 InDel分子标记 SSR引物设计 聚类分析
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An InDel in the promoter of ribosomal protein S27-like gene regulates skeletal muscle growth in pigs 认领 引用
8
作者 Xiaoqin Liu Xinhao Fan +7 位作者 Junyu Yan Longchao Zhang Lixian Wang Honor Calnan Yalan Yang Graham Gardner Rong Zhou Zhonglin Tang 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2026年第3期1114-1124,共11页
Genetic improvement of meat production traits has always been the primary goal of pig breeding.Geographical isolation,natural and artificial selection led to significant differences in the phenotypes of meat productio... Genetic improvement of meat production traits has always been the primary goal of pig breeding.Geographical isolation,natural and artificial selection led to significant differences in the phenotypes of meat production traits between Chinese local pigs and Western commercial pigs.Comparative genomics and transcriptomics analysis provided powerful tools to identify genetic variants and genes associated with skeletal muscle growth.However,the number of available genetic variants and genes are still limited.In this study,a comprehensive comparison of transcriptomes showed that ribosomal protein S27-like(RPS27L)gene was highly expressed in skeletal muscle and up-regulated in Chinese local pigs when compared with Western commercial pigs.Functional analysis revealed that overexpression of RPS27L promoted myoblast proliferation and repressed differentiation in pig skeletal muscle cells.Conversely,the knockdown of RPS27L led to the inhibition of myoblast proliferation and the promotion of differentiation.Notably,a 13-bp insertion-deletion(InDel)mutation was identified within the RPS27L promoter,inserted in Chinese local breeds and predominantly deleted in Western commercial breeds.Luciferase reporter assay suggested this InDel modulated RPS27L expression by influencing transcription factor 3(TCF3)and myogenic differentiation antigen(MYOD)binding to the promoter.Furthermore,a positive correlation was observed between RPS27L expression and backfat thickness.Association studies demonstrated this InDel was significantly associated with the body weight of pigs at the age of 240 d.Together,our results suggested that RPS27L was a regulator of skeletal muscle development and growth,and was a candidate marker for improving meat production traits in pigs.This study not only provided a biomarker for animal breeding,but also was helpful for understanding skeletal muscle development and muscular disease in humans. 展开更多
关键词 pig InDel RPS27L skeletal muscle growth and development
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玉米自交系InDel标记现场检测技术的研发与应用 认领 引用
9
作者 王蕊 胡丽萍 +13 位作者 赵伟 刘志浩 张茗起 卿香玉 许理文 霍永学 葛建镕 田红丽 易红梅 刘亚维 江彬 吴明生 匡猛 王凤格 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2026年第13期2776-2788,共13页
【目的】品种鉴定是保障农业生产安全和维护市场秩序的关键技术手段。现行作物品种分子鉴定技术主要依赖于实验室专业设备,存在检测周期长、成本较高等局限性。开发玉米品种真实性现场快速检测(maize point-of-genuineness identificati... 【目的】品种鉴定是保障农业生产安全和维护市场秩序的关键技术手段。现行作物品种分子鉴定技术主要依赖于实验室专业设备,存在检测周期长、成本较高等局限性。开发玉米品种真实性现场快速检测(maize point-of-genuineness identification,M-POG)试剂盒,旨在推动品种鉴定从实验室向生产一线延伸,填补现有技术中快速检测方案的空白,助力构建快速、高效、可溯源的现代种业检测技术体系。【方法】基于MaizeIDP50K芯片中的优异InDel位点池,利用二分法结合动态规划算法筛选优异候选位点;以9份玉米骨干自交系及其3份近似样品为材料,分别在荧光定量PCR平台和荧光毛细管电泳平台设计显性引物和共显性引物进行评估,利用最优组合算法,筛选获得M-POG核心位点集。基于核心标记显性引物的Ct值,建立M-POG身份条形码转换机制,并利用2270份玉米自交系核心位点芯片指纹设定现场检测结果判定阈值。以国家标准鉴定方案为对照,评估其一致性和单样品检测效率,以验证该方法的准确性和实用性。【结果】共筛选到80个InDel候选位点,成功设计76对显性引物,得到31个实时荧光定量PCR分型曲线清晰、重复性好、扩增效率均一的优异位点,最终获得16个高区分力M-POG核心位点,在2270份自交系中品种识别率达95.83%。计算得到指纹转换阈值,当Ct30时判定为隐性态(记为0),从而获得现场检测DNA条形码。通过2270份自交系两两比对分析,差异位点数≥4的组数占比98.29%。利用16个核心位点对骨干自交系及近似样品进行比对,90.91%比对结果在本方法和SSR分子标记方法中均被判定为存在差异,说明使用本方案鉴定为有差异的结果可靠,可用于自交系问题品种的快速排查,从而大幅减少需要送往实验室检测的样品数量,其完整检测流程仅需42 min,仅为标准鉴定流程的1/4。【结论】获得16个用于M-POG的InDel核心位点,其品种识别率超过95%;建立了基于InDel现场检测结果的转换机制,确定了品种区分的最小差异位点数判定标准;研发出一套准确性高、速度快的玉米品种现场检测试剂盒,实现作物品种现场快速鉴定。 展开更多
关键词 品种鉴定 玉米 InDel标记 现场检测 核酸检测技术 实时荧光定量PCR
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30份莆田地区栽培枇杷种质资源的全基因组重测序分析 认领 引用
10
作者 刘小英 吴碧君 +4 位作者 曾丽兰 张游南 邓雅婷 许奇志 刘国强 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2026年第6期1449-1463,共15页
为明确莆田地区栽培枇杷品种(系)的遗传背景和亲缘关系,为该区域枇杷育种提供科学理论支撑。本研究对30份枇杷种质进行全基因组重测序,获得高质量SNP位点及InDel片段,分析其群体遗传多样性。测序数据经有效过滤筛选后获得158.98 Gb的cle... 为明确莆田地区栽培枇杷品种(系)的遗传背景和亲缘关系,为该区域枇杷育种提供科学理论支撑。本研究对30份枇杷种质进行全基因组重测序,获得高质量SNP位点及InDel片段,分析其群体遗传多样性。测序数据经有效过滤筛选后获得158.98 Gb的clean data,样本平均比对率达97.70%,平均测序覆盖深度为6×,基因组覆盖度为93.86%。对SNP位点、InDel片段及变异基因进行注释分析,结果显示,红肉类枇杷的全基因组SNP与InDel总数、编码区平均SNP与InDel变异数、非同义突变基因数、移码突变基因数及群体遗传距离等指标均高于白肉类枇杷。GO富集分析表明,差异基因主要参与细胞过程与代谢过程,KEGG富集分析显示,差异基因主要富集在植物-病原体互作、MAPK信号通路、植物激素信号转导及淀粉和蔗糖代谢等生物学途径。群体分析结果表明,基于全基因组变异数据构建的系统发育树将30份莆田枇杷种质划分为5个类群;果肉颜色一致的种质、具有亲本-杂交后代亲缘关系的种质及无性繁殖的枇杷种质,在聚类分析中呈现明显的聚集趋势,且各类群间存在基因交流情况,类群间遗传分化指数(Fst)介于0.115~0.434之间。研究表明,红肉类枇杷在DNA水平上具有更高的变异潜力,且遗传多样性高于白肉类枇杷;莆田枇杷种质的分类受果肉颜色、亲缘关系等因素影响,且种质间仍保留中等偏强的遗传分化能力。本研究结果为莆田枇杷种质资源的系统分类、精准评价及高效育种利用提供重要依据。 展开更多
关键词 枇杷 全基因组重测序 SNP InDel 遗传关系
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基于InDel标记的中粒咖啡种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建 认领 引用
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作者 王曦奥 廖振阳 +6 位作者 黄丽芳 安娜 胡丽松 熊文艳 王晓阳 WILLIAM Solano Sanchez 闫林 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2026年第4期904-915,共12页
海南是我国中粒咖啡规模化种植的起源地和优势产区,然而由于种质资源遗传背景不清,制约了良种选育与产业竞争力提升。因此,明确中粒咖啡种质资源的遗传多样性,构建核心种质资源库,将为高效育种和海南咖啡品牌建设提供遗传基础。本研究... 海南是我国中粒咖啡规模化种植的起源地和优势产区,然而由于种质资源遗传背景不清,制约了良种选育与产业竞争力提升。因此,明确中粒咖啡种质资源的遗传多样性,构建核心种质资源库,将为高效育种和海南咖啡品牌建设提供遗传基础。本研究基于项目组前期获得的二代重测序数据,经过序列比对和筛选共开发44对InDel分子标记,对51份中粒咖啡种质进行遗传多样性分析、群体结构分析和聚类分析,筛选核心种质并构建指纹图谱。结果表明:37对InDel分子标记具有多态性和适用性,91.89%的标记具有高或中等多态信息含量(polymorphic information content,PIC),有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)、Nei’s基因多样性指数(H')和Shannon’s多样性指数(I)的数值均表明该群体在所选标记上具有较高的遗传多样性。该群体的个体间遗传背景差异显著,遗传相似系数范围较广(0.2632~0.7632),遗传距离较大(0.2364~1.3350)。通过Structure分析和聚类分析,均一致地将该群体划分为2个独立的遗传类群,表明该群体内存在明显的遗传分化。在该群体中筛选出10份核心种质,在主成分分析(principal component analysis,PCA)图中呈集中分布,代表性强,遗传冗余度低。优选InDel 12、InDel 18、InDel 31和InDel 33的4个高多态性标记构建51份种质的指纹图谱,实现种质资源的精准鉴别与数字化高效管理。本研究开发了一套适用于中粒咖啡的InDel标记体系,基于多态性分析构建核心种质库与高效指纹鉴别系统,为种质资源精准管理、品种定向改良及知识产权保护提供方法与资源基础。 展开更多
关键词 中粒咖啡 遗传多样性 指纹图谱 InDel标记
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FGFR1基因:mRNA表达、Indel变异检测及其对山羊生长性状的影响 认领 引用
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作者 朱海鲸 任赵飞 +4 位作者 王院 刘晓宇 张磊 李河林 陈生会 《榆林学院学报》 2026年第2期40-47,共8页
陕北白绒山羊是我国特色绒肉兼用型山羊品种,其生长性状遗传改良进程相对滞后且表型稳定性不足,亟待筛选与生长性状关联的高效分子标记以加速陕北白绒山羊高效选育。成纤维细胞生长因子受体1(FGFR1)作为调控细胞增殖与分化的关键基因,... 陕北白绒山羊是我国特色绒肉兼用型山羊品种,其生长性状遗传改良进程相对滞后且表型稳定性不足,亟待筛选与生长性状关联的高效分子标记以加速陕北白绒山羊高效选育。成纤维细胞生长因子受体1(FGFR1)作为调控细胞增殖与分化的关键基因,其遗传变异可能影响山羊生长性能。因此,本研究旨在探究FGFR1在陕北白绒山羊各组织中的表达水平,分析FGFR1 Indel变异与陕北白绒山羊生长性状的相关性。以1332只成年陕北白绒山羊为对象,采集耳组织与14种组织样本,通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测FGFR1基因InDel分型,利用qRT-PCR分析组织表达谱,并通过一般线性模型分析基因型与生长性状的关联性。结果显示,FGFR1基因在各组织中广泛表达,其中睾丸和大脑表达水平显著高于其它组织(P<0.05);群体遗传变异检测到P5位点存在22 bp InDel多态性,形成纯合插入型(Ⅱ,220 bp)、杂合型(ID,220/198 bp)及纯合缺失型(DD,198 bp)三种基因型,等位基因频率分别为0.822(I)和0.178(D),群体多态信息含量(PIC)为0.25,属中度多态(0.25≤PIC≤0.5);关联分析结果显示,II和ID基因型个体的胸围显著大于DD型(P<0.05),而ID型绒细度显著低于其他基因型(P<0.05)。综上所述,FGFR1基因22 bp InDel变异可作为陕北白绒山羊胸围与绒细度的候选分子标记。本研究为山羊分子标记辅助选择提供了理论依据,对加快绒山羊遗传改良进程具有重要意义。 展开更多
关键词 山羊 FGFR1 InDel 生长性状
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Fine mapping of two stable QTL related to plant architecture traits in peanut(Arachis hypogaea L.) 认领 引用
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作者 Mengzhao Ma Congcong Liu +5 位作者 Yahui Song Xinxin Jin Zhaowei Li Qiao Su Yongqing Yang Jin Wang 《The Crop Journal》 SCIE CSCD 2026年第2期529-538,共10页
Optimizing plant architecture is essential for improving mechanized harvesting and yield potential in peanut(Arachis hypogaea L.),yet its genetic basis remains unclear.This study aimed to identify stable major-effect ... Optimizing plant architecture is essential for improving mechanized harvesting and yield potential in peanut(Arachis hypogaea L.),yet its genetic basis remains unclear.This study aimed to identify stable major-effect QTL associated with main stem length,basal branch length,and the main stem length to basal branch length ratio,and to predict candidate genes using gene expression data and genome sequencing.A previously constructed population of recombinant inbred lines(RIL)derived from a cross between erect-type JH5 and bunch-type KX01-6 was evaluated across three field environments.Statistical analysis identified six QTL with LOD scores ranging from 3.27 to 9.77,explaining 6.14%-24.14%of the phenotypic variation.Among them,qMSL_B09,qBBL_B09,qBBL_B05,and qMBR_B05 were identified in at least two environments.By integrating QTL analysis based on Best Linear Unbiased Prediction(BLUP)values,we narrowed these four stable QTL to two loci,Rpa1(Regulating plant architecture 1)and Rph1(Regulating plant height 1)that were delimited to a~6.840 Mb region(B05:154.040 Mb to the end)and a~400 kb physical interval(B09:158.05-158.45 Mb),respectively.Phenotypic validation using near-isogenic lines(NILs)demonstrated that Rpa1 increased basal branch length by 27.22%and branch angle by 140.08%,while reducing the main stem-to-branch ratio by 22.91%.In contrast,Rph1 decreased main stem length by 42.31%and basal branch length by 46.84%.Map-based cloning of Rph1 identified an 1816-bp deletion in parental line JH5 that influenced the expression of two candidate genes:Ah19g561300(encoding a bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein)and Ah19g561500(encoding a proteasome subunit).A diagnostic InDel marker to facilitate marker-assisted selection for ideal plant height in breeding programs was developed to track the deletion.Haplotype analysis of 241 accessions confirmed the association of Rph1 with plant architecture,and accessions carrying Hap~(rph1)exhibited significantly higher main stem and basal branch lengths(by~10%;P<0.01).These findings provide novel genetic insights and molecular tools for improving plant architecture and enhancing yield potential in peanut. 展开更多
关键词 Stem length Map-based cloning Diagnostic InDel marker Peanut
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基于InDel标记筛选马铃薯杂交后代及疮痂病抗性鉴定 认领 引用
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作者 吴国强 高睿 +4 位作者 金一航 张桂芝 金光辉 王俊杰 赵金玲 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2026年第4期756-762,共7页
选用对S scabies抗性二倍体马铃薯‘H18-24535’和感病二倍体马铃薯‘H18-24012’为杂交亲本,在前期研究基础上,继续扩大F1代规模,对杂交后代进行抗性评价,筛选极端抗感后代,开发并验证InDel标记的准确性。针对前期研究已确定的马铃薯... 选用对S scabies抗性二倍体马铃薯‘H18-24535’和感病二倍体马铃薯‘H18-24012’为杂交亲本,在前期研究基础上,继续扩大F1代规模,对杂交后代进行抗性评价,筛选极端抗感后代,开发并验证InDel标记的准确性。针对前期研究已确定的马铃薯疮痂病抗性主效QTL区间,在2号染色体上开发对二倍体马铃薯杂交后代疮痂病抗性鉴定稳定可靠、操作简便的InDel分子标记。结果表明:以双亲疮痂病情指数(SI)为指标,筛选出极端抗感单株各8个,通过对重测序结果的变异分析,发现全基因组范围内有38262408个SNP,69552个InDel,2号染色体上有6596个InDel。在抗性QTL区间内设计了80对InDel引物,利用10%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行有效性验证,并结合极端杂交后代的抗病及感病性状,其中5对InDel引物与表型性状符合度在60%~80%之间,与抗性鉴定结果一致。 展开更多
关键词 马铃薯 InDel标记 疮痂病 抗性鉴定
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槟榔种质资源农艺及品质性状InDel标记关联分析 认领 引用
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作者 张雨洁 钟木兰 +2 位作者 黄丽云 叶剑秋 齐兰 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2026年第5期1152-1162,共11页
槟榔是海南重要的热带特色经济作物,被列为四大南药之首,在海南农业生产中占据重要地位。挖掘槟榔农艺及品质性状关联分子标记,对于槟榔相关性状优质新品种选育和分子标记辅助育种具有重要意义。本研究利用50对InDel标记,对149份槟榔种... 槟榔是海南重要的热带特色经济作物,被列为四大南药之首,在海南农业生产中占据重要地位。挖掘槟榔农艺及品质性状关联分子标记,对于槟榔相关性状优质新品种选育和分子标记辅助育种具有重要意义。本研究利用50对InDel标记,对149份槟榔种质资源材料进行基因型检测,开展遗传多样性和群体结构分析,并利用一般线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)关联分析模型对表型性状和标记进行关联分析。结果显示:在149份槟榔种质资源群体中共检测出123个等位基因位点,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)平均值分别为0.36和0.43,Shannon’s信息指数(I)平均值为1.1548,引物多态性信息含量(PIC)变异范围为0.15~0.52,平均值为0.35,88.00%的引物呈现中高多态性,表明本研究中的InDel引物多态性较高。群体结构分析结果显示,该资源群体分为3个亚群,各亚群分别包括118、24、7份材料。利用GLM和MLM关联分析模型分别检测到58、40个关联位点,表型变异解释率分别为4.36%~13.39%和4.35%~9.29%;在MLM模型分析中检测到的关联位点在GLM模型中均能检测到,其中标记AC1505和AC1519在2种方法中均能检测到与果形和品质相关性状关联,表现出明显的“一因多效”现象,该研究结果为槟榔相关性状基因挖掘及品质性状育种提供理论基础。 展开更多
关键词 槟榔 农艺及品质性状 InDel标记 关联分析
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矮生番茄InDel分子标记开发及应用 认领 引用
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作者 张丹丹 路龙春慧 +5 位作者 赵力英 尤园园 毛秀杰 申艳红 王帅 舒金帅 《中国蔬菜》 北大核心 2026年第6期181-190,共10页
选取9份矮生番茄自交系进行基因组重测序,分析全基因组InDel变异特征,开发InDel分子标记并进行遗传多样性分析及杂交种纯度鉴定。结果表明,共检测出471190个InDel变异位点,其中插入218898个,缺失252292个;开发出InDel分子标记79个,分布... 选取9份矮生番茄自交系进行基因组重测序,分析全基因组InDel变异特征,开发InDel分子标记并进行遗传多样性分析及杂交种纯度鉴定。结果表明,共检测出471190个InDel变异位点,其中插入218898个,缺失252292个;开发出InDel分子标记79个,分布在12条染色体上,多态性好,多态率为54.86%;主要等位基因频率为0.5127~0.9747,基因多样性指数(Hs)为0.0494~0.4997,期望杂合度(He)为0.0253~0.3038,多态性信息含量(PIC)为0.0481~0.3748,平均值为0.3288,71个标记PIC值大于0.2000,多态性较高;选择在亲本间具有多态性的InDel标记用于5个杂交组合(F1)的纯度鉴定,发现3个杂交组合的纯度为100%,2个杂交组合的纯度为96.9%,与田间表型鉴定结果一致。本研究开发的InDel标记为矮生番茄遗传多样性分析及杂交种纯度鉴定奠定了基础。 展开更多
关键词 矮生番茄 InDel标记 遗传多样性 F1纯度鉴定
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茄子种质资源遗传多样性及抗病性鉴定 认领 引用
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作者 冯家珠 李焯韵 +3 位作者 邱晓雨 邱正坤 颜爽爽 曹必好 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2026年第5期932-947,共16页
为系统评价茄子种质资源的遗传多样性并筛选抗病种质,以62份茄子种质为试验材料,通过形态学性状和InDel分子标记技术分析了其遗传多样性,并利用人工接种鉴定了种质对青枯病和褐纹病的抗性。结果表明,供试茄子种质的果实纵径、果形指数... 为系统评价茄子种质资源的遗传多样性并筛选抗病种质,以62份茄子种质为试验材料,通过形态学性状和InDel分子标记技术分析了其遗传多样性,并利用人工接种鉴定了种质对青枯病和褐纹病的抗性。结果表明,供试茄子种质的果实纵径、果形指数、果色等形态性状变异丰富,所有性状变异系数均大于10%,其中果实性状的多样性最突出。表型聚类将供试种质划分为4个类群,依据果实性状可区分紫红长茄、白绿果茄等类型;InDel分子标记聚类同样划分为4个类群,其中栽培种高度集中于第Ⅰ类群(49份),遗传基础相对狭窄,而野生种独立聚为第Ⅲ、Ⅳ类群,与栽培种遗传距离较远,是拓宽遗传多样性的关键来源。在分子水平上,23个InDel标记的多态性信息含量(PIC)均值为0.290,其中18个标记(78.3%)表现为中度多态性(0.25<PIC<0.50),5个标记为低度多态性(PIC<0.25),表明遗传多样性处于中等水平。抗病性鉴定共筛选出4份高抗青枯病材料,包括野生种质非洲红茄(24AE001、24AE002)和水茄(24AE004)以及栽培种质24AE100;8份免疫褐纹病材料,包括野生种质非洲红茄(24AE001、24AE002)、喀西茄(24AE003)以及栽培种质24AE024、24AE058、24AE068、24AE078、24AE098,其中野生种质表现出更强的抗病性。本研究结果表明茄子种质资源具有较丰富的遗传多样性,野生种质资源是重要的抗病基因来源,筛选出的抗病材料可为茄子抗病育种提供重要的种质基础。 展开更多
关键词 茄子 种质资源 遗传多样性 InDel标记 青枯病 褐纹病
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皖岳黑猪与大白猪初情期卵巢组织的SNP/InDel筛选分析 认领 引用
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作者 吴萍 周涵宇 +5 位作者 纪斌冰 周林妹 吕雷 章会斌 张晓东 殷宗俊 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2026年第2期295-302,共8页
【目的】旨在分析皖岳黑猪和大白猪初情期卵巢组织间的基因表达差异及SNP/InDel突变情况。【方法】选取健康初情期皖岳黑猪(WYB)和大白猪(YS)各3头,利用RNA-seq对两种猪的卵巢组织进行测序。【结果】在WYB与YS两组共6个样本的变异检测中... 【目的】旨在分析皖岳黑猪和大白猪初情期卵巢组织间的基因表达差异及SNP/InDel突变情况。【方法】选取健康初情期皖岳黑猪(WYB)和大白猪(YS)各3头,利用RNA-seq对两种猪的卵巢组织进行测序。【结果】在WYB与YS两组共6个样本的变异检测中,共鉴定出2041324个单核苷酸多态性(SNP)和476340个插入缺失(InDel)变异。其中,纯合型SNP/InDel共787655个,杂合型SNP/InDel为1730009个,杂合变异数量显著高于纯合变异,且SNP数量明显多于InDel。在碱基替换类型中,共检测到转换事件1561329次、颠换事件475663次,转换频率显著高于颠换。基因注释结果显示,这些变异主要富集于基因的3′UTR、5′UTR及下游区域,其次分布于内含子区和基因上游区域。通过与差异表达基因进行关联分析,共筛选出592个候选基因。GO与KEGG富集分析表明,携带SNP/InDel变异的基因功能主要富集于受体反应及卵巢发育等生物学过程。此外,在候选基因中进一步鉴定出TGFB1、FOS等11个与上述功能密切相关的基因,且这些基因间存在一定的相互作用关系。【结论】本研究获得的SNP/InDel信息可为后续皖岳黑猪繁殖调控机制研究提供理论参考。 展开更多
关键词 皖岳黑猪 卵巢 RNA-seq SNP InDel
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基于InDel标记的大球盖菇种质资源指纹图谱构建与遗传多样性分析 认领 引用
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作者 付露琴 郭俞彤 +4 位作者 王馨悦 杨迎霞 于海利 钱磊 班立桐 《江苏农业科学》 北大核心 2026年第1期185-190,共6页
为探究大球盖菇种质资源的遗传多样性并明确大球盖菇品种的亲缘关系,收集来自我国不同地区的20个大球盖菇品种,利用InDel分子标记技术进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。基于4个大球盖菇菌株的全基因组重测序数据,通过生物信息学分析... 为探究大球盖菇种质资源的遗传多样性并明确大球盖菇品种的亲缘关系,收集来自我国不同地区的20个大球盖菇品种,利用InDel分子标记技术进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。基于4个大球盖菇菌株的全基因组重测序数据,通过生物信息学分析,筛选出插入/缺失碱基数大于25 bp的InDel位点,并利用37对InDel引物对20个大球盖菇菌株的基因组DNA进行PCR扩增,最终筛选出7个多态性显著且扩增效果最优的InDel标记。以这7对InDel引物组合构建12个大球盖菇菌株的数字指纹图谱,能有效区分不同大球盖菇的基因型。采用NTSYSpc 2.1软件对电泳后的多态性条带进行聚类分析,UPGMA聚类分析结果显示,20个大球盖菇菌株间的遗传相似系数介于0.35~1.00之间;在遗传相似性系数为0.57时,所有菌株可被分为3个类群,其中第Ⅰ类群包含16个菌株,第Ⅱ类群包含3个菌株,第Ⅲ类群包含1个菌株。表明开发的In Del标记能够准确、快速地区分与鉴定不同大球盖菇品种,同时揭示了其种质资源之间的遗传多样性,为大球盖菇的遗传育种及品种鉴定提供重要的理论依据和技术支持。 展开更多
关键词 大球盖菇 不同品种 全基因组重测序 InDel标记 遗传多样性分析
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莴苣全基因组InDel标记开发及应用 认领 引用
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作者 唐丹 涂艺义 +4 位作者 黄展倩 肖慧玲 朱雪冰 王昕 陈炯炯 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2026年第2期99-112,共14页
为明确莴苣主要栽培类型(结球生菜、油麦菜、莴笋)的品种遗传差异并解决同物异名问题,通过比对生菜Salinas与莴笋YL1的基因组序列,在全基因组范围鉴定出23 901个潜在InDel位点;随机选取80个位点设计引物,在6份莴笋和6份生菜中进行PCR筛... 为明确莴苣主要栽培类型(结球生菜、油麦菜、莴笋)的品种遗传差异并解决同物异名问题,通过比对生菜Salinas与莴笋YL1的基因组序列,在全基因组范围鉴定出23 901个潜在InDel位点;随机选取80个位点设计引物,在6份莴笋和6份生菜中进行PCR筛选,获得42个稳定多态性标记,并进一步对57份商品品种(10份结球生菜、24份莴笋、23份油麦菜)进行基因型分析。结果显示,42个标记中14个适用于结球生菜区分,17个适用于莴笋,35个适用于油麦菜;10份结球生菜被划分为8组,24份莴笋划分为20组,23份油麦菜划分为12组,品种间存在遗传差异及同物异名现象。结果表明,该InDel标记体系可直接用于莴苣品种快速鉴定与遗传背景厘清。 展开更多
关键词 莴苣 InDel标记 多态性 品种鉴定 聚类分析
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