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基于k-mer特征集合的非比对算法研究进展
认领
引用
1
作者
杨振华
《河北北方学院学报(自然科学版)》
2025年第1期30-36,共7页
随着高通量测序技术的发展,产生了大量全基因组序列数据。为提升非比对算法在构建全基因组序列进化关系方面的灵敏度和准确性,选择合适的k-mer模体数目十分重要。综述了4类基于k-mer特征集的非比对计算方法:k-mer频率、k-mer间隔分布、k...
随着高通量测序技术的发展,产生了大量全基因组序列数据。为提升非比对算法在构建全基因组序列进化关系方面的灵敏度和准确性,选择合适的k-mer模体数目十分重要。综述了4类基于k-mer特征集的非比对计算方法:k-mer频率、k-mer间隔分布、k-mer与机器学习结合以及k-mer频谱。这些非比对算法在选择k-mer模体数目时具有一定的随意性,从而降低了其作为物种分类标准的可靠性。基于k-mer频谱特征的方法,能够筛选出与基因组进化密切相关的k-mer客观特征集合,这为更加客观表征物种进化关系提供了有效方法。
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关键词
非比对算法
全基因组序列
k-
mer
特征集合
进化关系
暂未订购
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基于k-mer词频向量的九种DNA序列相似性计算方法比较分析
认领
引用
被引量:
6
2
作者
张小丹
李喆
+3 位作者
卫泽刚
刘策
余凯哲
魏月华
《科学技术创新》
2023年第21期106-111,共6页
序列相似性计算是生物序列分析的前提和基础,传统的序列相似性分析方法需要借助双序列比对,如Needleman-Wunsch(NW)序列比对算法。面对海量序列数据,基于序列比对的相似性计算方法具有较高的时间复杂度。为快速得到序列间相似性,可以通...
序列相似性计算是生物序列分析的前提和基础,传统的序列相似性分析方法需要借助双序列比对,如Needleman-Wunsch(NW)序列比对算法。面对海量序列数据,基于序列比对的相似性计算方法具有较高的时间复杂度。为快速得到序列间相似性,可以通过提取序列k-mer信息,利用序列k-mer词频向量进行计算。本文从序列k-mer词频向量提取及基于k-mer词频向量的九种相似性计算方法进行了详细介绍,并用两种数据集进行了比较分析。实验结果表明,基于k-mer词频相似性计算方法比标准NW算法速度至少快103倍,但不同的k-mer词频计算方法得到的相似性与标准NW算法差别较大,相对而言,欧式距离在两个数据集的相似性结果与NW方法更接近,在计算大规模序列相似性时,可以作为优先选择的方法。
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关键词
非序列对比
k-
mer
词频
Needleman-Wunsch算法
序列相似性
暂未订购
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基于最小完美哈希函数的K-mer计数算法
认领
引用
被引量:
3
3
作者
徐菡
于长永
史劼
《中国电子科学研究院学报》
北大核心
2020年第5期435-441,448,共7页
在DNA序列中对长度为k的子序列K-mer进行计数是生物信息学分析的关键环节,为解决传统K-mer计数中出现的耗时长、内存占用量大的问题,文中提出一种基于最小完美哈希函数的K-mer计数算法。该算法能够无哈希冲突地将K-mer映射到尽可能最小...
在DNA序列中对长度为k的子序列K-mer进行计数是生物信息学分析的关键环节,为解决传统K-mer计数中出现的耗时长、内存占用量大的问题,文中提出一种基于最小完美哈希函数的K-mer计数算法。该算法能够无哈希冲突地将K-mer映射到尽可能最小的整数范围内,对最小完美哈希表的查询在常数时间内完成,能够高效处理动态变化的大规模数据集。在处理大肠杆菌基因序列时,本文算法MPH-KMC相对jellyfish2算法,耗时缩短3倍,内存消耗缩小11倍。
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关键词
最小完美哈希函数
局部敏感哈希函数
K-
mer
频次统计
计数算法
暂未订购
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P波自动识别算法及其在四川地震台网中的应用
认领
引用
被引量:
2
4
作者
龙锋
韩立波
赵敏
《四川地震》
2016年第2期13-17,共5页
采用了三种P波自动识别算法对四川地区单台记录的单个地震事件和连续波形进行了测试,结果表明:(1)STA/LTA算法简单高效,无论单个地震事件还是连续波形都能对P波到时有较好的识别效果,但需要挑选时窗长度及阈值以权衡虚报率和漏报率;(2)...
采用了三种P波自动识别算法对四川地区单台记录的单个地震事件和连续波形进行了测试,结果表明:(1)STA/LTA算法简单高效,无论单个地震事件还是连续波形都能对P波到时有较好的识别效果,但需要挑选时窗长度及阈值以权衡虚报率和漏报率;(2)MER和AIC算法对单个地震P波到时识别精度高,但无法从连续波形中识别单个地震事件;(3)无论哪种方法都无法做到不经过任何其他处理而直接从单一算法中获得准确的S波到时数据;(4)利用多台P波震相的自动识别数据,完全可以实现地震的自动定位。
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关键词
震相自动识别
STA/LTA算法
MER
算法
AIC算法
暂未订购
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基于Zynq的微地震数据采集优化技术研究
认领
引用
被引量:
3
5
作者
阮波
沈统
+2 位作者
徐垒
杨兰
阳刚
《仪表技术与传感器》
CSCD
北大核心
2024年第1期76-80,共5页
为解决微地震监测系统长时间连续采集导致的数据存储压力大的问题,设计了一种以Zynq为核心的微地震数据采集优化系统。在Zynq XC7010芯片的PL部分完成4路ADC并行采样控制,在PS部分内嵌修正能量比(MER)算法实现对连续采集的震动信号进行...
为解决微地震监测系统长时间连续采集导致的数据存储压力大的问题,设计了一种以Zynq为核心的微地震数据采集优化系统。在Zynq XC7010芯片的PL部分完成4路ADC并行采样控制,在PS部分内嵌修正能量比(MER)算法实现对连续采集的震动信号进行自动识别,并增加动态阈值方法来降低震动信号识别的漏判率,进一步提高该算法识别精度,从而较大程度减少无效噪声数据的存储。实验结果表明:该系统对震动信号响应灵敏,即使是低信噪比的震动信号也能准确识别;同时与IMS微震监测系统相比,经过16 h的连续采集,该系统的数据存储量仅为IMS系统的31%,有效地降低了连续采集过程中的数据存储压力。
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关键词
微地震监测系统
数据存储压力
Zynq
XC7010
MER
算法
自动识别
动态阈值方法
暂未订购
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伞滑刃线虫交合刺形态图像的规范化和定位算法
认领
引用
被引量:
1
6
作者
麦树荣
陈晓玲
+1 位作者
曾文才
方羽生
《林业科学研究》
北大核心
2008年第6期832-836,共5页
应用数字图像处理与分析技术中的最小外接矩形算法和镜像变换算法,用Visual c++作为开发工具,通过编程实现计算机对伞滑刃属线虫交合刺形态图像鉴定规范化和定位的智能化。输入伞滑刃属66个有效种的交合刺形态图像运行程序,均获得正确...
应用数字图像处理与分析技术中的最小外接矩形算法和镜像变换算法,用Visual c++作为开发工具,通过编程实现计算机对伞滑刃属线虫交合刺形态图像鉴定规范化和定位的智能化。输入伞滑刃属66个有效种的交合刺形态图像运行程序,均获得正确的定位结果。
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关键词
最小外接矩形
镜像变换算法
伞滑刃属线虫
交合刺
智能化定位
暂未订购
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基于改进ESLA算法的可重构资源管理
认领
引用
7
作者
谭一匡
邝继顺
+2 位作者
凌纯清
周颖波
尤志强
《计算机工程》
CAS
CSCD
2012年第4期221-223,共3页
针对动态可重构系统的空闲资源管理问题,改进基于最大空闲矩形的增强型扫描线算法(ESLA),采用一维数组作为辅助空间,同时搜索有效宽度与最大空闲矩形。改进算法能快速计算出可重构系统在运行过程中的所有最大空闲矩形,实现任务间资源的...
针对动态可重构系统的空闲资源管理问题,改进基于最大空闲矩形的增强型扫描线算法(ESLA),采用一维数组作为辅助空间,同时搜索有效宽度与最大空闲矩形。改进算法能快速计算出可重构系统在运行过程中的所有最大空闲矩形,实现任务间资源的合理分配。实验结果表明,改进算法能减少运行时间开销和存储空间代价,提高可重构系统的资源利用率。
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关键词
可重构
空闲资源
最大空闲矩形
增强型扫描线算法
暂未订购
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基于RNA-Seq数据集的转录组从头拼接算法
认领
引用
8
作者
武思文
李静
张少强
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2018年第12期308-312,共5页
转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分。为了提高转录组拼接的精度和效率,文中提出了一种新的转录组从头拼接算法StepLink。该算法的主要创新点是提出了最左k-mer(长度为k的短序)和右k-mer的概念,并运用双重哈希表...
转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分。为了提高转录组拼接的精度和效率,文中提出了一种新的转录组从头拼接算法StepLink。该算法的主要创新点是提出了最左k-mer(长度为k的短序)和右k-mer的概念,并运用双重哈希表来存储相邻的每对k-mer,使得拼接更加迅速、准确。应用该算法对SRA数据库中人、狗和老鼠的测序数据分别进行拼接,结果表明该算法比其他已有算法更高效。
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关键词
转录组
RNA-Seq
K-
mer
从头拼接算法
暂未订购
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ITU-TJ.83B的载波同步与均衡器设计及验证
认领
引用
被引量:
6
9
作者
马思强
陈咏恩
《电子测量与仪器学报》
CSCD
2011年第9期762-769,共8页
提出了一种适用于ITU-T J.83B的载波同步与自适应均衡的联合设计方案。系统首先采用常模数算法进行盲均衡,然后启动载波同步环路。环路通过先后采用极性判决算法和判决指示算法,起到了短时间大范围鉴频和降低相位方差的作用。载波恢复后...
提出了一种适用于ITU-T J.83B的载波同步与自适应均衡的联合设计方案。系统首先采用常模数算法进行盲均衡,然后启动载波同步环路。环路通过先后采用极性判决算法和判决指示算法,起到了短时间大范围鉴频和降低相位方差的作用。载波恢复后,均衡器切换到最小均方差算法,使得系统获得最佳的调制误差比。依据提出的一套适合算法设计和硬件开发的验证方法,整个设计方案先后通过各级验证,并最终在硬件测试平台上得到测试。针对64QAM和256QAM信号,当信噪比分别达到27 dB和33 dB时,解调器的误比特率可小于10?4。验证结果表明该设计方案性能优良并具备可行性。
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关键词
正交幅度调制
常模数算法
载波同步
调制误差比
暂未订购
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题名
基于k-mer特征集合的非比对算法研究进展
认领
引用
1
作者
杨振华
机构
内蒙古科技大学经济与管理学院
出处
《河北北方学院学报(自然科学版)》
2025年第1期30-36,共7页
基金
内蒙古自治区自然科学基金项目(2024MS03054)
内蒙古自治区高等学校科学技术研究项目资助(NJZY23086)
内蒙古科技大学基本科研业务费专项资金资助(2023QNJS080)。
摘要
随着高通量测序技术的发展,产生了大量全基因组序列数据。为提升非比对算法在构建全基因组序列进化关系方面的灵敏度和准确性,选择合适的k-mer模体数目十分重要。综述了4类基于k-mer特征集的非比对计算方法:k-mer频率、k-mer间隔分布、k-mer与机器学习结合以及k-mer频谱。这些非比对算法在选择k-mer模体数目时具有一定的随意性,从而降低了其作为物种分类标准的可靠性。基于k-mer频谱特征的方法,能够筛选出与基因组进化密切相关的k-mer客观特征集合,这为更加客观表征物种进化关系提供了有效方法。
关键词
非比对算法
全基因组序列
k-
mer
特征集合
进化关系
Keywords
Alignment-free
algorithm
Whole genome sequences
K-
mer
feature set
Evolutionary relationship
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
暂未订购
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题名
基于k-mer词频向量的九种DNA序列相似性计算方法比较分析
认领
引用
被引量:
6
2
作者
张小丹
李喆
卫泽刚
刘策
余凯哲
魏月华
机构
宝鸡文理学院物理与光电技术学院
出处
《科学技术创新》
2023年第21期106-111,共6页
基金
宝鸡文理学院第十六批校级教学改革研究项目(21JGZD13)
宝鸡文理学院第十七批校级本科教学改革研究项目(22JGYB37)
+1 种基金
陕西省自然科学基础研究计划一般项目(2021JQ-811)
宝鸡文理学院2022年研究生创新科研项目(YJSCX22YB13)。
摘要
序列相似性计算是生物序列分析的前提和基础,传统的序列相似性分析方法需要借助双序列比对,如Needleman-Wunsch(NW)序列比对算法。面对海量序列数据,基于序列比对的相似性计算方法具有较高的时间复杂度。为快速得到序列间相似性,可以通过提取序列k-mer信息,利用序列k-mer词频向量进行计算。本文从序列k-mer词频向量提取及基于k-mer词频向量的九种相似性计算方法进行了详细介绍,并用两种数据集进行了比较分析。实验结果表明,基于k-mer词频相似性计算方法比标准NW算法速度至少快103倍,但不同的k-mer词频计算方法得到的相似性与标准NW算法差别较大,相对而言,欧式距离在两个数据集的相似性结果与NW方法更接近,在计算大规模序列相似性时,可以作为优先选择的方法。
关键词
非序列对比
k-
mer
词频
Needleman-Wunsch算法
序列相似性
Keywords
alignment-free sequence comparison
k-
mer
frequency
Needleman-Wunsch
algorithm
seque-nce similarity
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
暂未订购
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题名
基于最小完美哈希函数的K-mer计数算法
认领
引用
被引量:
3
3
作者
徐菡
于长永
史劼
机构
东北大学秦皇岛分校
中国工业互联网研究院
出处
《中国电子科学研究院学报》
北大核心
2020年第5期435-441,448,共7页
基金
国家自然科学基金(61772124)。
摘要
在DNA序列中对长度为k的子序列K-mer进行计数是生物信息学分析的关键环节,为解决传统K-mer计数中出现的耗时长、内存占用量大的问题,文中提出一种基于最小完美哈希函数的K-mer计数算法。该算法能够无哈希冲突地将K-mer映射到尽可能最小的整数范围内,对最小完美哈希表的查询在常数时间内完成,能够高效处理动态变化的大规模数据集。在处理大肠杆菌基因序列时,本文算法MPH-KMC相对jellyfish2算法,耗时缩短3倍,内存消耗缩小11倍。
关键词
最小完美哈希函数
局部敏感哈希函数
K-
mer
频次统计
计数算法
Keywords
perfect minimal hash function
local sensitive hash function
K-
mer
frequency statistics
counting
algorithm
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
暂未订购
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题名
P波自动识别算法及其在四川地震台网中的应用
认领
引用
被引量:
2
4
作者
龙锋
韩立波
赵敏
机构
四川省地震局
中国地震局地球物理研究所
出处
《四川地震》
2016年第2期13-17,共5页
基金
中国地震局监测预报司"前震自动识别技术研发"项目
摘要
采用了三种P波自动识别算法对四川地区单台记录的单个地震事件和连续波形进行了测试,结果表明:(1)STA/LTA算法简单高效,无论单个地震事件还是连续波形都能对P波到时有较好的识别效果,但需要挑选时窗长度及阈值以权衡虚报率和漏报率;(2)MER和AIC算法对单个地震P波到时识别精度高,但无法从连续波形中识别单个地震事件;(3)无论哪种方法都无法做到不经过任何其他处理而直接从单一算法中获得准确的S波到时数据;(4)利用多台P波震相的自动识别数据,完全可以实现地震的自动定位。
关键词
震相自动识别
STA/LTA算法
MER
算法
AIC算法
Keywords
phase auto-detection
STA / LTA
algorithm
MER algorithm
AIC
algorithm
分类号
P315.6 [天文地球—地震学]
暂未订购
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题名
基于Zynq的微地震数据采集优化技术研究
认领
引用
被引量:
3
5
作者
阮波
沈统
徐垒
杨兰
阳刚
机构
西南科技大学信息工程学院
成都理工大学核技术与自动化工程学院
出处
《仪表技术与传感器》
CSCD
北大核心
2024年第1期76-80,共5页
基金
四川省自然科学基金青年基金(2022NSFSC1110)
西南科技大学博士基金(19zx7159)
+1 种基金
黑龙江省重点研发计划项目(2022ZX01A16)
四川省科技计划项目(2022YFG0148)。
摘要
为解决微地震监测系统长时间连续采集导致的数据存储压力大的问题,设计了一种以Zynq为核心的微地震数据采集优化系统。在Zynq XC7010芯片的PL部分完成4路ADC并行采样控制,在PS部分内嵌修正能量比(MER)算法实现对连续采集的震动信号进行自动识别,并增加动态阈值方法来降低震动信号识别的漏判率,进一步提高该算法识别精度,从而较大程度减少无效噪声数据的存储。实验结果表明:该系统对震动信号响应灵敏,即使是低信噪比的震动信号也能准确识别;同时与IMS微震监测系统相比,经过16 h的连续采集,该系统的数据存储量仅为IMS系统的31%,有效地降低了连续采集过程中的数据存储压力。
关键词
微地震监测系统
数据存储压力
Zynq
XC7010
MER
算法
自动识别
动态阈值方法
Keywords
microseismic monitoring system
data storage pressure
Zynq XC7010
MER algorithm
automatic identification
dynamic threshold method
分类号
P631.4 [天文地球—地质矿产勘探]
暂未订购
下载PDF
题名
伞滑刃线虫交合刺形态图像的规范化和定位算法
认领
引用
被引量:
1
6
作者
麦树荣
陈晓玲
曾文才
方羽生
机构
北京华大基因研究中心
高明出入境检验检疫局
华南农业大学理学院
华南农业大学资源环境学院
出处
《林业科学研究》
北大核心
2008年第6期832-836,共5页
基金
华南农业大学新学科扶持基金资助(4900-K04113)
摘要
应用数字图像处理与分析技术中的最小外接矩形算法和镜像变换算法,用Visual c++作为开发工具,通过编程实现计算机对伞滑刃属线虫交合刺形态图像鉴定规范化和定位的智能化。输入伞滑刃属66个有效种的交合刺形态图像运行程序,均获得正确的定位结果。
关键词
最小外接矩形
镜像变换算法
伞滑刃属线虫
交合刺
智能化定位
Keywords
minimum enclosing rectangle (
MER
)
image mirror transformation
algorithm
Bursaphelenchus
spicule
intelligent orientation
分类号
S432.4 [农业科学—植物病理学]
暂未订购
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题名
基于改进ESLA算法的可重构资源管理
认领
引用
7
作者
谭一匡
邝继顺
凌纯清
周颖波
尤志强
机构
湖南大学软件学院
湖南大学计算机与通信学院
出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
2012年第4期221-223,共3页
基金
国家自然科学基金资助项目(60773207
60673085)
摘要
针对动态可重构系统的空闲资源管理问题,改进基于最大空闲矩形的增强型扫描线算法(ESLA),采用一维数组作为辅助空间,同时搜索有效宽度与最大空闲矩形。改进算法能快速计算出可重构系统在运行过程中的所有最大空闲矩形,实现任务间资源的合理分配。实验结果表明,改进算法能减少运行时间开销和存储空间代价,提高可重构系统的资源利用率。
关键词
可重构
空闲资源
最大空闲矩形
增强型扫描线算法
Keywords
reconfigurable
empty resource
Maximal Empty Rectangle(
MER
)
Enhanced Scan Line
Algorithm
(ESLA)
分类号
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
暂未订购
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题名
基于RNA-Seq数据集的转录组从头拼接算法
认领
引用
8
作者
武思文
李静
张少强
机构
天津师范大学计算机与信息工程学院
出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2018年第12期308-312,共5页
基金
国家自然科学基金(61572358)
天津自然科学基金(16JCYBJC23600)资助
摘要
转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分。为了提高转录组拼接的精度和效率,文中提出了一种新的转录组从头拼接算法StepLink。该算法的主要创新点是提出了最左k-mer(长度为k的短序)和右k-mer的概念,并运用双重哈希表来存储相邻的每对k-mer,使得拼接更加迅速、准确。应用该算法对SRA数据库中人、狗和老鼠的测序数据分别进行拼接,结果表明该算法比其他已有算法更高效。
关键词
转录组
RNA-Seq
K-
mer
从头拼接算法
Keywords
Transcriptome
RNA-Seq
K-
mer
De novo assembly
algorithm
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
暂未订购
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题名
ITU-TJ.83B的载波同步与均衡器设计及验证
认领
引用
被引量:
6
9
作者
马思强
陈咏恩
机构
同济大学通信软件及专用集成电路设计中心
出处
《电子测量与仪器学报》
CSCD
2011年第9期762-769,共8页
摘要
提出了一种适用于ITU-T J.83B的载波同步与自适应均衡的联合设计方案。系统首先采用常模数算法进行盲均衡,然后启动载波同步环路。环路通过先后采用极性判决算法和判决指示算法,起到了短时间大范围鉴频和降低相位方差的作用。载波恢复后,均衡器切换到最小均方差算法,使得系统获得最佳的调制误差比。依据提出的一套适合算法设计和硬件开发的验证方法,整个设计方案先后通过各级验证,并最终在硬件测试平台上得到测试。针对64QAM和256QAM信号,当信噪比分别达到27 dB和33 dB时,解调器的误比特率可小于10?4。验证结果表明该设计方案性能优良并具备可行性。
关键词
正交幅度调制
常模数算法
载波同步
调制误差比
Keywords
quadrature amplitude modulation(QAM)
constant modulus
algorithm
(CMA)
carrier recovery
modulation error ratio(
MER
)
分类号
TN911.5 [电子电信—通信与信息系统]
暂未订购
下载PDF
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于k-mer特征集合的非比对算法研究进展
杨振华
《河北北方学院学报(自然科学版)》
2025
0
暂未订购
下载PDF
2
基于k-mer词频向量的九种DNA序列相似性计算方法比较分析
张小丹
李喆
卫泽刚
刘策
余凯哲
魏月华
《科学技术创新》
2023
6
暂未订购
下载PDF
3
基于最小完美哈希函数的K-mer计数算法
徐菡
于长永
史劼
《中国电子科学研究院学报》
北大核心
2020
3
暂未订购
下载PDF
4
P波自动识别算法及其在四川地震台网中的应用
龙锋
韩立波
赵敏
《四川地震》
2016
2
暂未订购
下载PDF
5
基于Zynq的微地震数据采集优化技术研究
阮波
沈统
徐垒
杨兰
阳刚
《仪表技术与传感器》
CSCD
北大核心
2024
3
暂未订购
下载PDF
6
伞滑刃线虫交合刺形态图像的规范化和定位算法
麦树荣
陈晓玲
曾文才
方羽生
《林业科学研究》
北大核心
2008
1
暂未订购
下载PDF
7
基于改进ESLA算法的可重构资源管理
谭一匡
邝继顺
凌纯清
周颖波
尤志强
《计算机工程》
CAS
CSCD
2012
0
暂未订购
下载PDF
8
基于RNA-Seq数据集的转录组从头拼接算法
武思文
李静
张少强
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2018
0
暂未订购
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9
ITU-TJ.83B的载波同步与均衡器设计及验证
马思强
陈咏恩
《电子测量与仪器学报》
CSCD
2011
6
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