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Atomevo:a web server combining protein modelling,docking,molecular dynamic simulation and MMPBSA analysis of Candida antarctica lipase B(CalB)fusion protein 认领 引用
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作者 Jin-Heng Hao Dun-Jin Zheng +11 位作者 Yu-Hao Ye Jie-Ting Yu Xin-Yao Li Mei-Jie Xiong Wen-Hao Jiang Kang-Ping He Pei-Yu Li Yong-Si Lv Wei-Ming Gu Lin-Hao Lai Yi-Da Wu Shi-Lin Cao 《Bioresources and Bioprocessing》 SCIE 2022年第1期1035-1048,共14页
Although current computational biology software is available and has prompted the development of enzyme–substrate simulation,they are difficult to install and inconvenient to use.This makes the process time-consuming... Although current computational biology software is available and has prompted the development of enzyme–substrate simulation,they are difficult to install and inconvenient to use.This makes the process time-consuming and error-prone.By far there is still a lack of a complete tool which can provide a one-stop service for the enzyme–substrate simulation process.Hence,in this study,several computational biology software was extended development and integrated as a website toolbox named Atomevo.The Atomevo is a free web server providing a user-friendly interface for enzyme–substrate simulation:(1)protein homologous modeling;(2)parallel docking module of Autodock Vina 1.2;(3)automatic modeling builder for Gromacs molecular dynamics simulation package;and(4)Molecular Mechanics/Poisson–Boltzmann Surface Area(MMPBSA)analysis module for receptor–ligand binding affinity analysis.We officially launched the web server and provided instructions through a case for the design and simulation of Candida antarcticalipase B(CalB)fusion protein called Maltose Binding Protein—Thioredoxin A—Candida antarcticalipase B(MBP-TrxA-CalB). 展开更多
关键词 Biofuel Molecular dynamics simulation Docking MMPBSA Web Server
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β-环糊精抑制α-半乳糖苷酶的动力学模拟 认领 引用
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作者 邹伟 王敏 +4 位作者 陶佳妮 姚娣 李赟 王雪松 沈汪洋 《武汉轻工大学学报》 CAS 2017年第1期22-25,共4页
为进一步了解β-环糊精与α-半乳糖苷酶的作用机制,在前、中期采用同源建模、分子对接的基础上,采用对复合物体系进行分子动力学模拟,并计算出均方根偏差、温度、密度以及总能量四个衡量指标,对体系动力平衡的稳定程度进行评价,得到了... 为进一步了解β-环糊精与α-半乳糖苷酶的作用机制,在前、中期采用同源建模、分子对接的基础上,采用对复合物体系进行分子动力学模拟,并计算出均方根偏差、温度、密度以及总能量四个衡量指标,对体系动力平衡的稳定程度进行评价,得到了动力学模拟轨迹是稳定的结果,再采用MMPBSA能量计算及分解的方法,对β-环糊精与α-半乳糖苷酶之间的相互作用进行能量计算,确定了两者的结合是一个自发的过程,且能够达到一个稳定的状态,并得到了β-环糊精对α-半乳糖苷酶的抑制作用主要是由范德华相互作用能和静电作用能产生的结论。 展开更多
关键词 β-环糊精 α-半乳糖苷酶 分子动力学模拟 MMPBSA能量计算
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